El ISES ha consolidado distintos proyectos de investigación, nacionales e internacionales, que desde el año 2008 hasta la actualidad abordan una amplia gama de problemáticas vinculadas al pasado y presente de las sociedades del Noroeste Argentino y otras regiones del país, integrando enfoques interdisciplinarios desde la arqueología, la historia social, la economía y la demografía. Entre sus tópicos de interés destacan el estudio de comunidades prehispánicas en áreas como la Puna de Jujuy, Catamarca y la Patagonia, mediante investigaciones sobre tecnología lítica, prácticas agrícolas, uso de recursos naturales y dinámicas de asentamiento, así como la reconstrucción de paisajes sociales y ambientales. Estas investigaciones contribuyen a comprender procesos de larga duración como la transición de grupos cazadores-recolectores a sociedades agro-pastoriles y la interacción regional en contextos andinos y de altura.

Asimismo, se exploran los vínculos entre actores sociales, poder político y estructura económica desde el siglo XVIII hasta mediados del siglo XX, particularmente en Tucumán y el Norte Grande Argentino. Los estudios analizan el rol de empresarios, sindicatos, trabajadores y organizaciones agrarias en la configuración de las relaciones laborales, la pobreza y la dinámica territorial. Se suman investigaciones sobre imaginarios políticos, representaciones sociales y procesos de formación estatal, tanto en la Argentina como en perspectiva comparada con América Latina. A su vez, la institución desarrolla líneas aplicadas en estadística, demografía y teoría del desarrollo, consolidando un abordaje integral de las transformaciones históricas y contemporáneas de la región.