Al conformarse el ISES en 2008, se generó una propuesta de investigación en ciencias sociales y humanidades centrada en la articulación de ejes iluminadores para el análisis de la realidad actual y pasada de las sociedades regionales en sus contextos y dimensiones patrimoniales, ambientales, políticas y económicas.
Los paisajes del actual Norte Argentino fueron conformados inicialmente por diversos pueblos originarios, que definieron rostros, costumbres, modos de habitar, ver y hablar, constitutivos de la identidad de estos territorios. La conquista española, los procesos capitalistas de fines del siglo XIX y las transformaciones del XX fueron acercando otras miradas y formas de vivir que dieron consistencia al Estado Nación argentino. Estos procesos produjeron cambios muy significativos, pero no lograron eliminar aquellos saberes indígenas que hoy valoramos y reivindicamos.
Desde la articulación de disciplinas como la arqueología, la historia, la geografía, la antropología, el derecho, la economía, los estudios de género, el arte, la museología, en el ISES se abordan, de manera dialógica y a partir de la interculturalidad y la interdisciplinariedad, múltiples temas y problemas. Se procura en tal sentido que los resultados obtenidos constituyan un motor asesor o ejecutor de políticas públicas en la gran Área de las Ciencias Sociales y Humanas. Ello se advierte en las principales líneas de investigación desarrolladas en la actualidad:
Arqueología, etnohistoria y zooarqueología de la Puna
Arqueología e historia de la llanura de Santiago del Estero
Historia política. Partidos, trayectorias y formas de intermediación en la Argentina del siglo XX
Paisajes campesinos y agroarqueología en la larga duración
Producción textil indígena. Prácticas y materialidades. Procesos locales y ensambles regionales
Historia social del mundo del trabajo azucarero. Tucumán, siglo XX
Población, territorio y ambiente
Emociones, refugio y memoria
Viajes y producción de saberes geográficos y naturalistas
Derechos humanos y violencias