El ISES funciona en dos sedes, por un lado se encuentra la sede en calle General Paz 931 de la ciudad de San Miguel de Tucumán, donde se localiza la biblioteca, sala de reuniones y el Laboratorio de Cartografía Digital.

Por otro lado, en calle San Martín 1545, en las instalaciones del Instituto de Arqueología y Museo (IAM), instituto dependiente de la UNT, desarrollan sus actividades académicas la mayor parte de los profesionales alineados con esta disciplina. Se encuentran aquí el Laboratorio de Etnobotánica y el Laboratorio de Digitalización, con sus técnicos responsables respectivos.