Las principales líneas de evidencias sobre las que se trabaja son de índole Arqueológica, Paleoetnobotánica y Arqueobotánica: muestras y análisis de microfósiles provenientes de sitios arqueológicos, investigaciones arqueológicas y ambientales con énfasis en la agricultura prehispánica, usos domésticos de las plantas, procesamiento de alimentos, uso de herramientas e instrumentos de molienda, cosecha y cocción a partir de residuos.

El laboratorio cuenta con dos áreas principales de trabajo: procesamiento y microscopía:
En el área de procesamiento, a cargo de Zapatiel, se recuperan, a través de protocolos establecidos, tanto microfósiles procedentes de muestras de sedimentos, como sustancias adheridas en artefactos líticos, cerámicas, tártaro dental, y colecciones de referencias, y servicio de herborización y macrorestos vegetales (estos últimos, mediante flotación).
En el área de microscopía, a cargo de Burgos, se observan, caracterizan, fotografían, cuantifican distintos grupos de microfósiles: silicofitolitos, calcifitolitos, diatomeas, granos de almidón, granos de polen, microcarbón, anillo de celulosa, esporas de hongos, esporas de helechos, crisofíceas y espículas de espongiarios.
El laboratorio cuenta con campana de extracción de gases, centrífugas, muflas, agitador magnético, destilador y ionizador, lupa, microscopios biológicos y petrográficos con cámaras digitales incorporadas. Además del resguardo de fitotecas de diferentes áreas geográficas.